萬福寺遺址，今位于江蘇省南京市玄武區(qū)衛(wèi)崗街道鐘山風(fēng)景名勝區(qū)小茅峰，中山陵寶頂東北側(cè)，藏經(jīng)樓西北側(cè)，中馬腰東南側(cè)，永慕廬西側(cè)。
該寺原有山門、三茅殿、觀音殿及吳帝殿，寺院旁邊還設(shè)有名僧塔林。
1929年，在孫中山先生奉安大典后，奉安委員會(huì)曾將萬福寺進(jìn)行修善，辟為孫中山紀(jì)念館，陳列奉安大典時(shí)的各種紀(jì)念品。
抗戰(zhàn)期間，萬福寺被毀，名僧舍利塔構(gòu)件亦散落林間。
1993年7月，中山陵園管理處將散落的舍利塔構(gòu)件收集、整修、復(fù)原，重新豎好四座舍利塔與萬福寺遺址旁。
2012年3月20日，“萬福寺遺址（名僧塔林）”被南京市人民政府公布為第四批南京市文物保護(hù)單位。